Gasztroenterológia

Genetikai vizsgáló módszerek

A robbanásszerű fejlődés miatt szükséges a módszerekről is röviden szólni. A molekuláris genetikai módszerek “őse” a polimeráz láncreakció (PCR: polymerase chain reaction). A módszer elve röviden, hogy megfelelő polimeráz enzimek ismert szekvenciájú primerek, illetve nukleotid trifoszfátok segítségével, megfelelő hőmérsékleti és reakciós körülmények között alkalmasak a kívánt DNS-szekvenciák amplifikálására.

Alléspecifikus PCR

Az alapmódszer modifikációján alapul az allélspecifikus, illetve metilációspecifikus PCR. Az alléspecifikus PCR lényege, hogy a primerek 3′ végének kötődése kritikus pontosságú, így ezek különbözősége alapján lehetőség van csak a kívánt allél ampliflkációjára. A DNS metiláltsági állapotának meghatározásában segítséget nyújtó metiláció specifikus PCR esetén a metilált és a nem metilált DNS-lánc kimutatására különböző primerek adnak lehetőséget.

Hossz polimorfizmus

Ezt követi második lépésben a restrikciós hossz polimorfizmus (RFLP: restictions fragment lenght polymorphism), amikor a mutációra-variánsra specifikus restrikciós enzim segítségével mutatjuk a vizsgálni kívánt nukleotid-eltérést. A szekvenciától függően az egyik esetben (pl. vad típus) van hasítás, míg a másik nukleotidot tartalmazó variáns alléi esetében nem lesz hasítás.

A hasítás során két rövidebb és így könnyebb, míg a hasítás nélkül egy nehezebb DNS-láncot kapunk. Ha ezután a DNS-láncokat gélelektroforézis segítségével szeparáljuk, a tömegkülönbség alapján a DNS-láncok elkülöníthetők. Természetesen egynél több hasítási hely is lehetséges egy vizsgált szakaszon..

Linkage analízis

A közelmúlt genetikai-epidemiológiai vizsgáló módszerének tekinthető az ún. linkage analízis is. A teljes genomot felölelő vizsgálattal („genom wide screening”) számos vizsgálat kereste különböző kromoszómarészletek kapcsolatát egyes betegségekkel, így a gasztronterológia vonatkozásában pl. a vastagbél betegségeivel.

A technika elterjedésének alapját a Weissenbach által közreadott „linkage map” teremtette meg, amely a teljes humán genom 90%-áról tartalmazott informatív mikroszatellita markerpozíciókat. A genom wide screening, illetve ennek továbbfejlesztett változata („fine mapping”) különösen alkalmasnak bizonyult a gyulladásos bélbetegségek (IBD), „valószínűsíthetőségi” locusok vizsgálatában.

GWAS

A legújabb technikák (GWAS: genome wide association scan) segítségével egyszerre több ezer, akár több százezer genetikai variáns vizsgálható egyszerre nagyszámú egyénben. A módszerek csak a legutóbbi években váltak szélesebb körben elérhetővé, és valószínűleg az orvostudomány teljes területén forradalmasítani fogják a betegségek genetikai hátteréről alkotott ismereteinket. Az adatok értékelése az egymással kapcsolatban álló gének szövevényes hálózata miatt azonban igen fejlett statisztikai ismereteket igényel.

A másik új, kb. 5-10 éves múltra visszatekintő, az aktuális funkciót mérő genetikai módszer a DNS-mikrochip (microarray). Az eljárás alkalmas egyidejűleg több százezer gén aktuális expressziójának egyidejű vizsgálatára. A választandó módszer persze alapvetően függ a megválaszolandó klinikai kérdéstől…

Azaz attól, hogy:

  • a betegség kialakulásával vagy progressziójával/lefolyásával, esetleg bizonyos terápiás beavatkozásra/kezelésre adott válasszal (farmakogenetika) kapcsolatos genetikai eltéréseket szeretnénk azonosítani;
  • hogy a vizsgált eltérés a teljes szervezetben jelen van, illetve csak lokális jelenség (pl. a daganatokban);
  • további környezeti hatások figyelembevételét kívánjuk vizsgálni.

Tibor Griffel

Szerző: Griffel Tibor

Végzettség: ELTE – Eötvös Loránd Tudományegyetem. Szakterület: a szív- és érrendszeri betegségek, gasztroenterológiai betegségek és a légzőrendszeri betegségek. Jelenleg reflexológus, életmód és tanácsadó terapeuta tanulmányokat is végzek.